医院绩效评价不是一个孤立的体系，评价效果的好坏，受到很多因素的制约。总体看来，影响医院绩效评价的因素可以归结为：医院内部组织结构、医院外部政策环境及绩效评价体系三个主要因素。

一、医院内部组织机构

人事管理自主权、剩余价值索取权、晋升与分配机制是医院组织内部制约绩效评价的主要方面。拥有更多人事管理自主权、剩余价值索取权相对较大、晋升分配机制科学健全的医院，对绩效评价的需求越大，同时也促进绩效评价体系的不断完善和绩效管理水平的提高，反之则会影响到医院绩效评价作用的发挥。

二、医院外部政策环境

外部环境的压力是对医院行为和体制改革的效果产生深远影响的关键因索。医院绩效评价实际是公立医院改革的一个主要产物，因此医院绩效评价的力度和深人程度受到政府行政职能支持力度的影响，同时也受到医疗卫生体制改革的促进。医院作为卫生系统的重要组成部分，医院绩效的评价应该按着整个卫生系统绩效评价的战略方向进行。

三、医院绩效评价系统

尽管医院绩效管理是一种非常有效的管理模式，但是这项工作本身还存在很多需要完善的地方。目前认为阻碍绩效管理工作开展的原因在于绩效管理的核心环节——绩效评价体系不够完善。除了评价指标选择及权重的确立等“技术性障碍”外，更主要的是绩效评价现存的不公平性。这种不公平性主要表现在评价的结果往往受到被评价对象客观基础条件的影响，评价结果仅仅体现了被评价对象的实力，难以反映人们主观上对于经营管理的有效努力程度。如果绩效结果不公平，不仅不能有助于改善被评对象的经营管理，反而会造成一定的负面影响，难以调动医务人员的积极性，评价结果反而造成了低效率和各种资源浪费现象的发生。

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