医院是以医疗为主体的事业单位，医院的科室设置也是围绕以患者为中心和以医疗为主体的原则来进行设置的。医院根据规模的大小、专科的特点，进行组织、功能定位、资源配置和医院的基本业务服务流程与科室结构模式的安排，从而有利于救治患者和医院科室相互紧密配合下的高效运转。
医院的科室实际上是医院内部按一定元素和特点构建的单元，是医院各个组织部门的搭配与排列，也是医院内部系统构建的运转方式。医院的科室是医院内部系统中关于职务与权力关系的一套形式化系统。它实际阐明了医院各项工作应当如何分配、谁向谁负责及内部工作协调的机制，组织内各成员、各单元如何互动的模式。
医院的科室设置应遵循以发挥医护人员业务能力，支撑医疗业务流程运行，完成医院医疗业务工作为中心，以全体员工职责、职权和相互工作关系为组织结构的核心。
医院科室的设置一般应遵循以下五项原则：
一 医院医疗工作的开展
这是医院科室设置的首要原则。医院之所以要进行科室设置和分层管理，就是要提高医疗业务开展的能力，使医院的医疗服务开展得更为有效。如：门诊、急诊、疾病检查部门和后勤服务部门等。
二 封闭稳定的工作环境
医院的工作系统应当是努力创造出一种相互制约的封闭、稳定的工作环境及内部各子系统的运营纽带，应具有正规结构、正常的内部规章与程序，对未来发展具有高度的可预测性，外部环境的改变对医院发展的影响程度不大等。
三 有利于医学科技的应用与发展
医学科技是医院在生产过程中所使用的主要手段和工具。因此，医学科技知识及操作规程和医院科技水平的高低都对医院的科室设置和组织结构带来一定的影响。医院应寻找到“ 常规科技”的方法，即创造出医院工作按部就班，依循常规就能顺利进行的状况。
四 组织规模适当
一般而言，医院的组织规模也是以人员多少为标志的，也有些医院是以床位规模多少为标志的。医院规模越大，人数越多，床位越多，则内部分工越细、科室设置越多、层次越多。在规模巨大的医院中，存在着决策执行战线太长、中间执行层太多等问题，故需要研究医院的规模限制问题。
五 医院的文化要素
医院的文化是指医院内部各成员共同分享及认同的价值观、规范与信念，也是科室维系和凝聚人心的重要手段。医院要在科室设置中倡导和创造出“适应文化” 和“贯彻文化”。“适应文化”是能主动适应医院外部环境变化以求组织平衡；“ 贯彻文化”则是重视医院决策为主要科室结构和形式要求，并保持内部稳定。
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