在国内大多数医院，绩效工资的支付都是以季度为周期的，并且全院职工都是一致的。在上海三慧医管为国内众多医院实施绩效管理咨询和绩效管理软件项目的过程中，经常会听到科主任、护士长、医生说某月工作量很大，怎么绩效工资会那么少，打开考核数据统计表或医院绩效管理系统进行查询，就会发现他们说的不是很客观，都是凭主观印象说的，也许他们已经记得不是很清楚前几个月的工作状况了。这种情况的出现，使得医院绩效工资发放的激励效果大打折扣，造成职工的工作主动性和积极性一直都不是很高。从激励的强化理论出发，我们认为即时的对职工的卓越工作绩效进行奖励是非常必要的。医院中不同性质的岗位，其工作绩效产生的周期可能会有所不同，绩效工资支付的时机应该有所差别。一般来说，医院可以按照三类岗位来设置不同的绩效工资支付时机。
一、院级领导
院级领导考核指标的周期一般都是以年为单位的，其绩效工资的支付周期为年度也是比较合理的。许多医院对医院领导推行年薪制正是基于这方面的考虑。年薪制对医院领导有着更大的激励性。对于年薪制，因为支付延后，支付周期较长，风险相对也较大，收益也应该较大。院级领导按照年度记发绩效工资，能够比较合理的规避医院内部薪资的攀比，有力淡化或消除职工对绩效工资的内部不公平感。
二、中层干部
医院中层干部考核指标的周期为季度比较适宜。中层干部加强对科室的运营管理，所采取的措施往往需要较长的时间才能出效果。各科室承接的医院的项目任务，大多都是跨月度完成的，因此都需要一个较长的考核周期。以季度为考核周期，同时就会要求医院中层干部将工作目标要适度放长远，而不是只盯着眼前。
三、普通职工
医院普通职工考核指标的周期以月度比较适宜。医院诊疗工作，通过流程分解之后，医护人员的工作量统计基本都可以以每日来统计，在医院绩效管理系统图支持下，上述统计工作可以即时完成。医院普通职工的考核周期为月度是可行的，绩效工资的支付也就可以以月度为单位。这样，绩效工资对职工激励的及时性就可以大大提高，从而充分发挥出绩效工资的效能。
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