跟很多医院领导在一起交流绩效管理时，大家共同的感慨便是医院绩效难搞，但是又不得不搞。总结上海三慧医管实施众多医院绩效管理系统项目的经验，医院在推行绩效管理系统项目时经常会遇到四大挑战：
一、基础数据的可获得性
医疗行业在我国国民经济各大行业中，属于信息化程度比较高的行业。在国家大力扶持下，HIS、PACS、LIS等系统在我国县级二级医院中大多都实现了普及，更不用说更高等级的医院。虽然各医院都拥有医院管理信息系统，但是却不一定采集和存储医院绩效考核所需要的信息。在我们实际执行医院绩效管理系统项目的过程中，就经常遇到在现有医院信息系统中根本无法提取所需的数据，真是令人遗憾。因此，在此建议，医院在选取HIS、、PACS、LIS等系统服务商时，务必要考虑到这些系统采集和存储数据的全面性，以备管理决策所需。
二、业务运营管理的规范性
不少医院在业务运营管理时存在诸多需要改善的地方。例如：固定资产的管理、能源消耗的管理、门诊排班的管理、患者信息登记的管理、医护人员执业过程中信息登记的管理等等。医院绩效管理系统对数据的要求必须准确。因此，在医院绩效管理系统实施的过程中，医院务必下定决心，强化对业务运营的规范化管理。从这个角度看，绩效管理系统在医院的推行，必将有助于医院业务运营的规范化。
三、流程优化
在医院实施绩效管理系统的过程中，经常面临着需要对医院流程进行优化的问题。业务流程优化对医院管理来说，可以说是伤筋动骨，遇到的阻力可想而知。即使是比较轻微的流程优化，例如患者满意度调研流程改进，在执行力比较差一些的医院，推动起来都比较困难。在很多医院，业务流程优化的问题只有依赖于医院高层亲自抓，才能推动。
四、确保公平
对医院领导、中层干部、普通员工来说，大家共同的期望是绩效工资分配要公平。绩效工资分配的公平性源于绩效考核方案的设计。确保公平的内涵是绩效工资保持适当的差距。这些差距具体主要表现在，从管理层级上说，医院领导、中层干部、普通员工保持合理的差距；从医疗业务价值链上说，临床、医技、医辅、管理等环节保持合理的差距；从绩效角度上说，业绩优秀、中等、差的不同表现保持合理的差距。
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