在医院科室考核体系设计中，各项考核指标目标值的设计无疑是医院管理者高度关注的问题。如果把科室考核指标目标值设计高了，一旦得不到科室的认可，科主任和护士长就不会为了已确定的目标而扎扎实实的努力工作，也就无助于目标的最终达成；如果把科室考核指标目标值设计低了，不仅发挥不了目标管理的激励作用，也起不到绩效管理对医院战略发展的支撑作用，更是失去了医院绩效考核的意义。科学、准确的设置科室考核指标目标值是医院领导和绩效管理部门面临的巨大挑战。总结上海三慧医院管理中心在多个医院绩效考核项目和医院绩效考核系统中的实施经验，一般来说，医院科室考核指标目标值设计有以下四大方法：
一、历史值
设计医院科室考核指标目标值的重要依据之一是各科室上年度或前三年度的历史值。应用历史值制定考核指标，需要注意以下三个前提：第一，科室发展与经营处于一个良性的轨道，经济效益和社会效益双向稳步增长；第二，科室的资源配置未发生较大变动，例如床位资源、诊室资源、医师资源、护理人员资源、设备资源等；第三，科室在医院中的发展定位和发展目标未发生变化，例如：科室医院属于普通科室，未列入重点科室发展计划。
二、标杆法
在现代医院绩效评价体系中，标杆法得到了越来越多的应用。标杆法的核心内容在于将所在医院的各项关键指标与本地区、本省、全国、甚至全球的优秀医院的各项关键指标进行比较，从中找出差距和对策，从而改善本医院的运营水平。标杆法可以为医院提供一种奋斗目标，该目标具有明确含义，并有达到目标的途径。通过这样，设定可达目标来改进和提升医院的经营业绩，使医院和科室可以坚信运营水平完全有办法提高到最佳。标杆法设定绩效考核目标能够帮助医院和科室明确自身所处的位置，及需要改进的地方。标杆法为医院和科室提供了一种不断改进的思路，是不断发现新目标以及寻求如何实现这一目标的一种手段和工具，具有合理性和可操作性。
三、竞争法
竞争法是参照医院科室主要竞争对手的运营数据来制定科室考核指标的目标值。在医疗市场竞争日趋激烈的今天，按照竞争法来制定科室考核指标目标越来越来有用武之地了。不管是综合性医院，还是专科医院，要想在医疗市场上拥有一席之地，建立学科的竞争优势是必不可少的。紧跟竞争对手的发展步伐，并在局部领域内超越竞争对手，采用竞争法制定科室发展目标是一条必经之路。
四、演绎法
演绎法是根据医院和科室发展规划、年度经营计划，首先设定各考核指标的目标值，然后根据科室工作计划，来验证目标值实现的可能性。经过推测，如果科室考核指标目标实现的可能性在60%~90%，目标值的设置是比较适宜的；如果科室考核目标值实现的可能性高于90%或低于60%，目标值的设置需要进一步修正。只有所有的考核指标目标均具有60%-90%实现的可能性，目标值的设置工作才可算告一段落。
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